Im Bereich Wissenschaft und Forschung berücksichtigt die Ernst Göhner Stiftung prinzipiell alle Disziplinen. Forschungsprojekte sollen einem strategischen Forschungsschwerpunkt der jeweiligen Hochschule entsprechen.
Die zu unterstützenden Forschungsprojekte sollen von praktischer Relevanz, zum Nutzen der Gesellschaft und thematisch von besonderer Originalität sein. Unterstützt werden auch Projekte, die geeignet sind, eine Brücke zwischen Forschung und Öffentlichkeit zu schlagen, oder dem Wissens- und Technologietransfer zwischen Hochschulen und Wirtschaft dienen. Die Stiftung fördert auch Projekte, welche die allgemeine Zugänglichkeit von Quellen- und Grundlagenmaterial für Forschungszwecke ermöglichen.
Grundsätzlich nicht unterstützt wird die Grundlagenforschung. In den Disziplinen Medizin, Natur- und Technische Wissenschaften werden die Forschungsthemen in Zusammenarbeit mit den jeweiligen Hochschulleitungen eruiert und daher keine Gesuche entgegengenommen.
Ausserdem fördert die Stiftung kulturgeschichtliche und geisteswissenschaftliche Projekte, die Quellenmaterial (Bilder, Texte, Sammlungen) der Forschung und/oder der Öffentlichkeit zugänglich machen.
Weiter Förderbereiche der Ernst Göhner Stiftung sind: Kultur, Umwelt, Soziales sowie Bildung.
Die Stiftung ist gesamtschweizerisch tätig und achtet innerhalb der Schweiz auf den Austausch zwischen den Regionen.